作为一款专业的数据处理和绘图软件,GraphPad Prism 以其便捷性和专业性,在学术图表绘制中具有重要地位。但目前在市面上系统介绍GraphPad Prism 绘图的图书难得一见,个别图书也只是对该软件较低版本的一些简单功能进行了介绍。
本书主要介绍基于GraphPad Prism 9 的学术图表绘制方法。首先,介绍了GraphPad Prism图形生成和美化流程、学术图表配色原则和技巧、常用学术图表类型和软件内嵌的大部分统计方法的选择等内容;然后,着重以软件所定义的8 种数据表为纲,按照“数据录入—数据分析—图表生成与美化”的顺序,结合科研实例,使用t 检验、方差分析、生存分析和主成分分析等相关统计分析方法,介绍了散点图、气泡图、柱状图、线图、饼图、面积图等常见学术图表的绘制和美化方法;最后,介绍了软件的进阶使用技巧。同时本书提炼了学术图表绘制的一般流程、配色方法及GraphPad Prism 绘图的进阶技巧,兼顾学术图表绘制的实用性和美观性。通过对GraphPad Prism 进行系统的介绍,可以让读者全面掌握该软件的使用方法。
本书定位
本书适合于需要绘制学术图表的高校学生和科研人员,并且使用人员不需要具有GraphPad Prism 使用基础,只需要具备基本的计算机知识即可。因此,本书通常可以作为读者的工具书,可使其“依葫芦画瓢”地绘制所需要的学术图表。但在涉及统计分析时,读者需要结合自己的专业知识背景和统计学知识进行判断。
中心内容
全书内容共9 章,采用“总—分—总”的结构编排。第1 章是GraphPad Prism 快速入门;第2 章是GraphPad Prism 图表与常见统计方法选择;第3~8 章是GraphPad Prism 的8 种数据表及其图形绘制,读者可以根据需要进行选择性的学习;第9 章是GraphPad Prism 绘图进阶技巧。
第1 章 介绍了软件下载、安装、使用界面、图形修饰与美化、学术图表配色、图片导出和发送等内容。
第2 章 介绍了常见学术图表分类及选择与软件内嵌的大部分统计方法。
第3 章 介绍了XY 表及该数据表类型所支持的12 类图表的绘制方法,以及带统计分析的XY 表图形绘制,如相关分析、回归分析等。
第4 章 介绍了纵列表(Column)及该数据表类型所支持的6 类图表的绘制方法,并基于实例介绍了包含t 检验和方差分析的相关图表绘制方法,以及ROC 曲线、Bland-Altman 图的绘制。
第5 章 介绍了行列分组表(Grouped)及该数据表类型所支持的5 类图表的绘制方法,并基于实例介绍了二(三)因素方差分析。
第6 章 介绍了列联表(Contingency)及该数据表类型所支持的图表的绘制方法。
第7 章 介绍了生存表(Survival)及该数据表类型所支持的生存曲线的绘制方法。
第8 章 介绍了局部整体表(Parts of whole)、多变量表(Multiple variables)及嵌套表(Nested)这3 种数据表及其所支持的图形绘制,尤其是GraphPad Prism 9 新增的主成分分析和气泡图。
第9 章 介绍了GraphPad Prism 绘图进阶技巧,包括首选项设置、图形组合、自定义配色方案、魔棒工具、克隆和模板等内容。
适用范围
本书所有内容均是在GraphPad Prism 9 中完成的,绝大部分内容也适用于GraphPad Prism8。本书使用科研实例,结合统计分析方法绘制学术图表,在绘图过程中充分使用了软件内嵌的配色方案,还仿制了ggplot2 配色风格,使用了自定义配色方案。另外,本书在绘制学术图表的同时兼顾了图形的美观性。
从2020 年2 月接到出版社的约稿,我利用空余时间不断撰写和修改本书的写作提纲,并在2020 年4 月开始基于GraphPad Prism 8.4 版本进行写作,在2020 年暑假期间更是专心撰写本书,终于在9 月完成了初稿。然后根据出版社提出的意见和建议,我对初稿进行了删改,并且随着GraphPad Prism 在10 月发布了新版本,又将其中涉及的软件图片进行了修改,并补充了部分新版本的新增内容,如估计图、主成分分析和气泡图等。在写作过程中,我一边梳理学习,一边撰写修改,收获极大。同时有一句经验之谈与诸位分享:官方文档是软件学习的第一手资料。
在写作过程中,感谢电子工业出版社石倩老师对书稿的肯定与建议。由于时间与能力所限,本书疏漏之处在所难免,欢迎及恳请读者朋友们给予批评与指正。
作 者
2021 年2 月1 日