《系统生物学》将介绍系统生物学的基本概念和原理；然后介绍系统生物学的研究方法和手段，包括蛋白质组学、基因组学、转录组学和代谢组学等研究方法和计算模拟方法；最后将介绍系统生物学在医学及其它生物科学领域中的应用。

　　林标扬，教授，博士生导师，杭州普望生物技术有限公司董事长兼总裁，浙江大学浙江加州国际纳米技术研究院首席科学家，美国西雅图瑞典医学中心研究员，浙江省“千人计划”创新人才入选者，开发区领军型留学人才。加拿大大不列颠哥伦比亚大学（UBC）医学遗传学博士，曾在英国帝国癌症研究中心从事两年博士后工作。2000年受Leroy Hood教授（美国三院院士，系统生物学创始人）邀请加入他创立的全球第一个系统生物学研究所并成为癌症研究组的带头人，在其后的六年中，林标扬博士管理拥有超过五百万美元研究经费的研究小组。归国之前，林标扬已获得六项美国专利，多项美国专利待批。林标扬和Leroy Hood教授 （Amgen, Applied Biosystems Inc. 等20家美国上市公司的创始人，其中 Amgen, Applied Biosystems Inc.公司的市值共达500亿美金） 在美国西雅图共创 Homestead 诊断公司，获五百万美金风险投资。Homestead 诊断公司之后并入美国西雅图整合诊断公司（Integrated Diagnostics），引入资金3000万美金。 2010年，林标扬和几位资深投资商共创普望生物集团有限公司，普望生物集团有限公司在杭州创办的杭州普望生物技术有限公司注册基金800万美金。
　　林标扬在用于癌症早期诊断的标志物寻找和鉴定上有非常丰富的经验，发现了许多重要的前列腺癌标志物（如TMPRSS2, PART1, PSDR1, WDR19等）、肝癌标志物和预测卵巢癌化学疗法响应的标志物；在PNAS, Science, Nature, New Eng. J. Medicine, Cancer Research等顶级期刊上发表论文50余篇，论文被引用次数超过2403次。2008年度获国家科学技术学术著作出版基金资助编著《系统生物学》（中文版）一书，该书将是国内第一本系统阐述系统生物学的著作。

第1章 复杂系统的研究方法
第2章 等级层次理论
第3章 系统生物学是一门整合不同数据的交叉学科
第4章 网络和网络系统生物学
第5章 阶层网络
第6章 生物网络模体
第7章 生成随机网络的算法
第8章 常用的网络分析软件
第9章 新兴的高通量测序技术
第10章 第二、三代测序技术间的过渡
第11章 总结
第12章 新兴高通量测序技术
第13章 新兴高通量测序技术在组蛋白修饰研究中的应用
第14章 未来测序技术面临的挑战
第15章 质谱的基本原理
第16章 生物分析物的分离
第17章 定量蛋白质组学
第18章 基于串联质谱的蛋白质定性分析
第19章 常用同位素标记定量蛋白组学方法
第20章 无标记定量蛋白质组学
第21章 格式转化软件
第22章 蛋白质组学数据分析平台
第23章 亚蛋白质组学
第24章 糖基化蛋白质组
第25章 多肽组学
第26章 CMS/LCMS 代谢组学分析
第27章 发展与展望
第28章 基因调控网络
第29章 因特网上的数据库和工具
第30章 组学数据库
第31章 GEO基因表达数据的存储结构
第32章 生物途径网络数据库
第33章 基因本体注释和分类
第34章 蛋白结构数据库pDB
第35章 TRANSFAC和EpD转录子数据库
第36章 BRENDA数据库
第37章 基因组微阵列
第38章 生物系统建模工具
第39章 蛋白质与其他分子相互作用
第40章 蛋白质小分子结合位点的预测
第41章 蛋白质DNA 结合位点预测算法
第42章 系统生物学模拟工具
第43章 MathSBML软件具体应用
第44章 CellDesigner 的主要特征
第45章 Cytoscape数据整合及网络显示分析平台软件
第46章 最佳子集法1925.5MS定量生物分析